Het bestuur van de Vereniging Bartiméus Sonneheerdt wordt in haar besluitvorming geadviseerd door twee commissies:
De financiële commissie bespreekt en beoordeelt de jaarrekening van Bartiméus Sonneheerdt. Daarna wordt deze door het bestuur behandeld aan de hand van het vergaderverslag en het preadvies van de commissie. Bovendien voert de financiële commissie namens het bestuur overleg met de vermogensbeheerder. Ook beoordeelt zij de behaalde resultaten. De penningmeester van het bestuur is voorzitter van de financiële commissie.
De adviescommissie projecten ondersteunt het bestuur bij projectaanvragen. Zowel nieuwe als herziene projectaanvragen worden besproken en voorzien van een preadvies. Ook tussentijdse en eindrapportages, die moeten worden overlegd, worden besproken.